L'eau, une ressource vitale

Durant la phase travaux, un assainissement provisoire comprenant de multiples fossés et bassins de traitement est mis en place. À la mise en service, 41 bassins définitifs récupèreront l'ensemble des eaux issues de la plate-forme autoroutière.  Multifonctions, ces bassins sont à la fois écrêteurs, décanteurs et déshuileurs : ils limitent les risques de débordement des rivières, retiennent l'eau de ruissellement jusqu'à ce que les produits polluants fixés sur les matières en suspension soient précipités par simple gravité et, grâce à un système de siphon, empêchent les huiles de rejoindre le milieu naturel.

Les eaux de chantier issues du creusement du tunnel de Violay, chargées en matière en suspension et au PH élevé, sont récupérées dans une station de traitement installée à chaque tête du tunnel, comparable en débit à une station d'une ville de 15 000 habitants. L'eau ainsi traitée ne présentant pas les mêmes caractéristiques de température et de minéralisation que les eaux du Boussuivre et du Gand qui coulent à proximité des têtes du tunnel, il a été décidé de la canaliser et de la rejeter à l'aval de ces ruisseaux, afin de préserver la faune aquatique (écrevisses, truites Fario, Chabots...).

Reconstitution de mares de substitution et protection de la faune aquatique

La vallée du Boussuivre, l'un des sites préservés les plus sensibles de la section abrite une riche faune et notamment plusieurs espèces protégées d'amphibiens au niveau national et européen, dont le crapaud sonneur à ventre jaune, l'alyte (crapaud accoucheur) ou encore la salamandre.
Afin de préserver ces différentes espèces, une centaine de mares de substitution sont reconstituées pour remplacer celles détruites situées sur le tracé de l'autoroute. Avant destruction des mares existantes, tous les batraciens sont pêchés puis relâchés dans les nouvelles mares.

Le programme de sauvegarde des écrevisses à pieds blancs

Espèce protégée au niveau européen, l'écrevisse à pieds blancs fait l'objet d'un élevage conservatoire ; l'espèce pouvant être fortement impactée en cas de pollution des cours d'eau. En novembre 2008, 61 écrevisses dont plusieurs femelles portant des œufs ont été prélevées dans le cours d'eau du Boussuivre (Rhône) et 78 dans le Gand (Loire) en juin 2009. Elles ont ensuite été transportées au Muséum d'histoire naturelle de Besançon pour assurer leur reproduction.
En février 2010, 281 juvéniles sur les 340 éclosions de larves étaient en vie.